其他与疾病间接相关的致病因素称为间接病因(indirect cause)，对应于疾病因素模式中的远因。如在病因链“静脉注射吸毒→共同使用注射器→注射器污染HIV→病毒感染→艾滋病发作”之中，HIV感染称为直接病因，而它以前的因素都称为间接病因。另外，这里直接与间接的区别只是相对的；如在上述病因链中，HIV感染与艾滋病发作之间还可以插入CD4+ T细胞被破坏这个中间因素，HIV感染则成了间接病因。

医学研究各领域所涉及的病因可能只是病因链中的某一个环节，只有综合起来，才能够正确地诊断疾病。

疾病因素模式在病因分类上相对清晰，具有较强的可操作性，在实际工作中有一定的指导意义。其主要特点是将疾病的危险因素分为内外两个层次：外围的远因和致病机制的近因。外围的远因包括社会经济、生物学、环境、心理行为和卫生保健等五大类主要因素。内层的近因主要是指与发病直接相关的医学生物学因素，如致病基因、生理性缺陷或病理性改变。流行病学的危险因素主要指外围的远因。
只有病原体入侵人体，才能引起疾病，这称之为直接病因。如：结核菌与结核病。而与发病有关的间接因素，它们的存在，能促进发病。如：居住条件差、营养不良、社会经济环境恶劣、心理精神刺激等等。

间接病因在人体发生疾病过程中起辅助作用，与疾病无因果关系。如地形、气候、水文、土壤、植被等地理因素即为疾病条件因子。如高山或高原，气候寒冷、空气稀薄是发生高原病的条件。适宜的气温，多雨有利于蚊子的繁殖，也可导致是疾病的发生。